Οι εφαρμογές Flatpak τρέχουν μέσα σε μια απομόνωση (sandbox), ώστε να μην μπορούν να επηρεάσουν τρίτες εφαρμογές. Έτσι μια εφαρμογή για παράδειγμα δεν μπορεί να κάνει ένα screenshoot
και να διαβάσει ευαίσθητες πληροφορίες από κάποιο άλλο παράθυρο. Η επικοινωνία μεταξύ των εφαρμογών θα γίνει μέσα από το dbus με την ασφάλεια του παρέχει polkit. Βέβαια όσο ακόμα έχουμε το Χ11 η απομόνωση δεν μπορεί να είναι τέλεια και πρέπει κάποια στιγμή να περάσουμε στο Wayland.
Έτσι για παράδειγμα μια εφαρμογή σαν το Foliate, αν τρέχει σαν Flatpak, θα περιοριστεί στα αρχεία του φακέλου του χρήστη, κάτι που μπορεί να είναι θέμα σε κάποιες περιπτώσεις. Ποια είναι η λύση; Να επιτρέψουμε την πρόσβαση. Πως θα γίνει όμως αυτό; Να μια καλή ερώτηση!
Η λύση είναι το FlatSeal, που θα το εγκαταστήσουμε σαν τι άλλο, σαν μια εφαρμογή Flathub 
To FlatSeal απευθύνετε σε χρήστες που ξέρουν τι κάνουν. Δυστυχώς οι επιλογές δεν απευθύνονται σε απλούς χρήστες. Χρησιμοποιήστε το με ευθύνη, καθώς κάθε επιλογή μειώνει την ασφάλεια που παρέχουν οι εφαρμογές Flatpak.
Ευτυχώς υπάρχει και μια επιλογή Reset για να επανέλθουν οι ρυθμίσεις σε αυτές που θεωρεί πως είναι σωστές ο δημιουργός της κάθε εφαρμογής.
Μάθετε περισσότερα για το FlatSeal από την σελίδα του στο github και εγκαταστήστε το από εδώ.
Ένας άλλος τρόπος για όσους τρέχουν Gnome είναι μέσα από το κέντρο ελέγχου, αλλά δεν τρέχουν όλοι Gnome και οι ρυθμίσεις είναι λιγότερες, αν μιας και μιλάμε για το Gnome, αυτό ήταν εντελώς περιττό να λεχθεί 
